تقع أحداث الموسم الثالث بعد ثلاث سنوات من الموسم الثاني، في لوس أنجلوس وشمال المكسيك. يحاول جاك باور والرئيس ديفيد بالمر منع عميل سابق، ستيفن ساوندرز، من نشر فيروس قاتل، بينما يواجه باور عصابة مخدرات خلال مهمته.